Como emitir nota fiscal na telemedicina e recolher impostos corretamente

Atender pacientes online virou rotina para muitos médicos. Mas a parte fiscal desse atendimento ainda gera dúvidas que podem custar caro: qual CNAE usar, para qual prefeitura recolher o ISS, como emitir a nota fiscal e qual regime tributário faz mais sentido para quem atua na telemedicina.

A boa notícia é que, do ponto de vista tributário, a telemedicina segue as mesmas regras dos serviços médicos tradicionais. O desafio está nos detalhes operacionais, especialmente quando o médico atende pacientes em estados diferentes do seu domicílio fiscal.

Neste guia, reunimos o que você precisa saber para emitir notas, recolher o ISS corretamente e estruturar a tributação da telemedicina sem burocracia desnecessária.

Acompanhe.

Qual CNAE usar para telemedicina e como regularizar o CNPJ?

O ponto de partida para qualquer médico que deseja atuar na telemedicina com segurança jurídica é garantir que o CNPJ esteja regularizado com os códigos de atividade corretos.

O CNAE mais utilizado para serviços de consulta médica, incluindo telemedicina, é o 8630-5/03 (atividade médica ambulatorial restrita a consultas). Dependendo da especialidade e do escopo de serviços, outros CNAEs podem ser necessários, como o 8630-5/99 para atividades médicas ambulatoriais não especificadas. É sempre importante validar com sua contabilidade o CNAE mais indicado para sua empresa.

Um ponto que muitos médicos ignoram: o CRM precisa estar atualizado com a informação sobre o exercício da telemedicina. A Resolução CFM nº 2.314/2022 regulamenta essa prática e define as condições éticas para o atendimento remoto.

Atuar sem o registro adequado no conselho expõe o profissional a sanções administrativas, independentemente da regularidade fiscal da empresa. Se o CNPJ ainda não contempla telemedicina como atividade, a alteração contratual deve ser feita antes de começar a emitir notas dessa natureza.

Como emitir nota fiscal na telemedicina: passo a passo

A emissão da nota fiscal de serviços na telemedicina segue dois caminhos principais, dependendo se o médico atua como PJ ou como autônomo. Confira abaixo.

1. Médico PJ: Portal Nacional de NFSe

Com a implementação gradual do Portal Nacional de NFS-e, os médicos PJ passam a contar com um padrão unificado de emissão de nota fiscal de serviços eletrônica, independentemente do município.

O processo envolve:

• Acesso ao Portal Nacional de NFS-e (nfse.gov.br) com certificado digital ou conta gov.br;
• Seleção do código de serviço correto, utilizando a Nomenclatura Brasileira de Serviços (NBS);
• Preenchimento dos dados do tomador (paciente ou operadora de saúde);
• Informação do município de prestação do serviço, que, para telemedicina, é o município da sede da empresa;
• Emissão e envio da nota ao tomador.

Os códigos NBS para serviços médicos estão na seção 1.11 da nomenclatura. O código exato depende da especialidade, valide com seu contador antes da primeira emissão no Portal Nacional de NFS-e.

2. Médico autônomo: App Receita Saúde

Para médicos que ainda atuam como pessoas físicas, a Receita Federal disponibiliza o aplicativo Receita Saúde, que permite o registro de atendimentos e a geração de recibos com validade fiscal.

O App está disponível para iOS e Android e é vinculado ao CPF do profissional. Nesse caso, os rendimentos são tributados via carnê-leão ou IRPF, sem emissão de nota fiscal eletrônica no modelo empresarial.

Para qual prefeitura recolher o ISS na telemedicina?

Essa é a dúvida mais comum e também a mais sensível do ponto de vista fiscal. A regra geral da Lei Complementar nº 116/2003 define que o ISS é devido no município onde está estabelecido o prestador de serviços, ou seja, onde a empresa médica tem sua sede.

Na prática, isso significa que um médico com CNPJ registrado em São Paulo que atende pacientes em Recife, Manaus ou Porto Alegre recolhe o ISS para o município de São Paulo, e não para os municípios onde os pacientes estão localizados.

A alíquota do ISS varia entre 2% e 5%, conforme a legislação de cada município. Em São Paulo, por exemplo, serviços médicos estão sujeitos à alíquota de 2% sobre o faturamento.

Um risco real que existe na prática: alguns municípios tentam cobrar ISS do prestador mesmo quando ele não está estabelecido ali, gerando autuações indevidas. Para evitar problemas, mantenha a documentação da sede da empresa organizada e, em caso de questionamento, acione sua contabilidade especializada para contestar a cobrança.

Com a chegada da Reforma Tributária e do IBS a partir de 2027, essa lógica de territorialidade passará por mudanças. Por enquanto, a regra do domicílio do prestador segue vigente.

Como o regime tributário afeta a tributação da telemedicina?

O regime escolhido define diretamente o quanto o médico paga de imposto sobre cada consulta online realizada. Os dois modelos mais comuns para médicos PJ são o Simples Nacional e o Lucro Presumido.

1. Simples Nacional

Para faturamentos de até R$ 4,8 milhões anuais, o Simples Nacional oferece tributação unificada via DAS. Com o Fator R aplicado corretamente (folha de salários equivalente a pelo menos 28% da receita bruta dos últimos 12 meses), os serviços médicos podem ser tributados pelo Anexo III, com alíquota inicial em torno de 6%. Nesse regime, o ISS já está incluído no DAS e é repassado automaticamente ao município de domicílio da empresa.

Na prática, o Simples Nacional costuma ser mais vantajoso para empresas médicas com faturamento de até cerca de R$ 22 mil mensais. Acima desse patamar, o Lucro Presumido tende a ser mais eficiente do ponto de vista tributário, especialmente quando há possibilidade de equiparação hospitalar ou estrutura societária que otimize a distribuição de lucros.

2. Lucro Presumido

Para médicos com faturamento mais elevado ou que buscam estratégias complementares, como a equiparação hospitalar, o Lucro Presumido pode ser mais eficiente. Nesse regime, o ISS é apurado separadamente e recolhido conforme a alíquota do município sede.

A base de cálculo do IRPJ e da CSLL parte de uma presunção de 32% sobre o faturamento, podendo ser reduzida para 8% e 12%, respectivamente, quando a empresa obtém o enquadramento como equiparada a hospital.

A escolha do regime tributário para telemedicina deve considerar o volume mensal de atendimentos, a estrutura da empresa e a possibilidade de acesso a benefícios fiscais adicionais.

Médico autônomo precisa emitir nota fiscal para telemedicina?

Não no formato empresarial. O autônomo utiliza o App Receita Saúde para registrar atendimentos e emitir recibos com validade fiscal. Mas os rendimentos são tributados como pessoa física, com alíquotas que podem chegar a 27,5%.

O ISS da telemedicina é pago no município do paciente ou do médico?

No município do prestador de serviços, onde está registrada a sede do CNPJ. Essa é a regra geral da LC 116/2003.

Qual código NBS usar na nota fiscal de telemedicina?

O código 1.0301 é o mais utilizado para serviços de saúde humana. A validação do código correto para cada especialidade deve ser feita com o contador responsável pelo CNPJ.

A Reforma Tributária muda a tributação da telemedicina em 2026?

Em 2026, CBS e IBS já entram em fase de teste com alíquotas reduzidas (0,9% e 0,1%, respectivamente), com possibilidade de compensação, ou seja, sem aumento real de carga. A substituição efetiva de PIS/COFINS pela CBS ocorre em 2027, e a do ISS pelo IBS acontece gradualmente entre 2029 e 2032.

MedAssist: contabilidade especializada para médicos que atendem online

Estruturar a tributação da telemedicina corretamente exige mais do que conhecer as regras: exige acompanhamento contínuo de um especialista que entende o setor de saúde de perto.

A MedAssist oferece contabilidade especializada para médicos, com planejamento tributário conduzido por advogados tributaristas e suporte completo para emissão de notas, definição de regime e adequação às novas obrigações do Portal Nacional de NFSe.

Se você atende pacientes online e ainda tem dúvidas sobre como organizar a parte fiscal, fale com um especialista da MedAssist e resolva isso de uma vez.