Contabilidade para Clínicas Médicas: Guia Prático (2025)

Se você vai abrir ou já tem uma clínica médica estruturada, que gere um estabelecimento, precisa entender que a complexidade relacionada à gestão e à contabilidade é muito maior do que as relativas aos médicos PJ, que possuem um CNPJ apenas para recebimento de plantões. 

As clínicas médicas mais estruturadas costumam envolver diversos profissionais, de diversas especialidades e, por vezes, de áreas diferentes como nutrição, fisioterapia, psicologia e entre outros. 

Sendo assim, a contabilidade precisa ser feita por um profissional especializado.

Afinal, envolve um alto volume de transações financeiras, contratações, aquisição de insumos, gestão de estoques, pagamentos de diversas naturezas, diferentes modelos de contratação, emissões de NFs e outras particularidades.

Neste guia, listamos pontos da contabilidade para clínicas médicas exigem atenção e alinhamento com o contador para que tudo ocorra da melhor maneira possível, sem consequências legais.

Como abrir corretamente a minha clínica médica?

O primeiro passo é abrir o seu CNPJ da maneira correta.

Assim as próximas dicas contábeis para sua clínica médica ficam mais fáceis e simples de serem colocadas em prática.

Confira:

1. Escolha o tipo de empresa

Infelizmente, por uma série de razões, o médico que constituí um CNPJ não pode ser MEI. 

Nesse caso, restam 2 opções: 

• Sociedade Simples;
• Sociedade Empresária;

Recomendamos que as clínicas médicas sejam estruturadas como sociedades empresárias. 

Isso oferece vantagens tributárias e operacionais, além de facilitar a gestão e o crescimento da clínica.

Se você quiser atuar com colegas em uma clínica médica, a opção mais viável é a Sociedade Empresarial Limitada, sozinho ou com mais sócios – e nem todos precisam ser médicos.

Já a Sociedade Simples Limitada, permite a formação com mais de um sócio, desde que todos sejam médicos. 

No caso das sociedades empresárias, o ideal é que sejam sempre constituídas em juntas comerciais, e não em cartórios.

Isso porque se, no futuro, você quiser fazer uma equiparação hospitalar na sua clínica médica, a constituição em junta comercial será um requisito.

E, além de tudo, o processo na junta comercial é menos burocrático.

2. Cuidado com o regime tributário!

A maioria das clínicas médicas opera sob o regime tributário do Lucro Presumido – a opção mais vantajosa para clínicas com alta lucratividade. 

Além disso, se a clínica médica estiver enquadrada nesse regime tributário, ela pode ser elegível à equiparação hospitalar – e pagar ainda menos impostos.

Embora também seja uma opção, o Simples Nacional geralmente não é vantajoso para clínicas, uma vez que a carga tributária pode se tornar excessiva. 

Portanto, fique atento: se a sua clínica estiver registrada no Simples Nacional, vale providenciar uma revisão contábil. 

Isso não é muito comum – e você pode estar perdendo bastante dinheiro.

3. Realizar o CNES

O Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde (CNES) é um sistema brasileiro que reúne informações detalhadas sobre todos os estabelecimentos de saúde do país – como clínicas médicas, hospitais e laboratórios. 

Esses dados – que incluem os serviços oferecidos, capacidade de atendimento, equipamentos disponíveis e especialidades da clínica – são utilizados pelo Ministério da Saúde para planejar, gerenciar e avaliar a oferta de serviços de saúde no Brasil.

Isso significa que, se a sua clínica não for cadastrada no CNES, o paciente pode encontrar problemas ao solicitar o reembolso da consulta ao convênio médico, por exemplo. 

Se a clínica não estiver registrada, o convênio pode não reconhecê-la – e, portanto, vai negar o reembolso ao paciente.

Se isso acontecer, pode ter certeza: você vai acabar perdendo o paciente.

Para se cadastrar no CNES, é preciso acessar o site oficial.

4. Contrate uma contabilidade especializada e de confiança

Apesar de estar por último, este passo é o mais importante para que todos os demais sejam decididos assertivamente, sem erros e evitando problemas futuros.

Ressaltamos: o ideal é contratar uma contabilidade especializada em atender médicos e demais profissionais da área da saúde

Afinal, são inúmeras as nuances e detalhes contábeis e burocráticos para a abertura e também para manter uma clínica médica.

E às vezes, o barato pode sair caro! Portanto, contrate uma assessoria que seja idônea e de confiança.

Ao optar pela MedAssist, por exemplo, você será assistido por uma equipe que obedece ao padrão IFRS – em inglês, International Financial Reporting Standards.

Esse padrão é emitido pelo IASB – International Accounting Standards Board, órgão criado em 2001 que sucedeu o IASC – International Accounting Standards Committee. 

Resumindo, a MedAssist obedece ao que existe de mais atual no escopo das Normas Internacionais de Contabilidade. 

E estará ao seu lado em todas as etapas da abertura da sua empresa médica, garantindo que tudo esteja em conformidade com as leis. 

Atenção aos modelos de contratação

Contratação CLT

Embora seja o modelo de contrato mais tradicional no Brasil, é também o mais caro em termos tributários. 

O contrato CLT formaliza a relação entre empregador e empregado, garantindo uma série de deveres e direitos para ambos. 

Em clínicas de maior porte, é mais comum que os médicos sejam contratados como celetistas. 

A jornada de trabalho padrão é de 44 horas semanais, que podem ser distribuídas em até oito horas diárias. 

Se a jornada for superior a seis horas, é preciso prever um intervalo para refeições e breve descanso. 

Se você estiver pensando em abrir uma clínica, a CLT é o modelo mais indicado para contratar recepcionistas, secretárias, equipe de limpeza e demais profissionais que prestarão outro tipo de serviços que não o de médico. 

Há também a opção de contratar empresas terceirizadas para os serviços de limpeza e segurança, por exemplo – o que é bastante comum para clínicas médicas.

Nesses casos, se houver algum problema com o profissional, a empresa terceirizada fica encarregada de enviar um substituto, por exemplo, e você não ficará desassistido. 

A terceirização dos profissionais, no entanto, não elimina riscos trabalhistas, uma vez que, em caso de processo, se a empresa terceirizada não cumprir com suas obrigações, sua clínica poderá responder subsidiariamente.

Então a dica é: só vale a pena contratar empresas terceirizadas com boa reputação para que sua clínica não carregue riscos trabalhistas. 

Contratação de Médicos via Pessoa Jurídica

Os médicos contratados via pessoa jurídica são aqueles que prestam seus serviços nas dependências de uma clínica médica por meio de sua própria pessoa jurídica.

Ou seja, a contratação ocorre com um contrato de prestação de serviços que prevê todas as regras e condições para o trabalho que será realizado.

Nesse caso, o médico PJ contratado passa a emitir regularmente notas fiscais de prestação de serviços para clínica.

É importante que seja feita uma avaliação minuciosa das características da prestação dos serviços para minimizar os riscos trabalhistas.

Apesar do judiciário estar mais flexível a aceitar este tipo de contratação, os contornos ainda podem implicar em maiores ou menores riscos.

Mas, a depender do formato, contratar médicos PJ pode reduzir custos trabalhistas, como encargos sociais e benefícios. 

Você será capaz de contratar médicos conforme a demanda da clínica, sem as restrições do regime CLT. 

Outro benefício é a facilidade para a rescisão do contrato de prestação de serviços.

Se o serviço prestado por algum profissional não estiver mais condizente com as necessidades  da clínica, o processo de saída e encerramento de contrato, é mais fácil e menos oneroso para o empregador. 

É preciso, no entanto, estabelecer critérios claros para desenvolvimento da prestação de serviços.

Quanto mais claras as responsabilidades da clínica e do médico contratado, melhor. 

Além disso, é super importante: 

• Definir critérios claros e objetivos para remuneração durante o curso da parceria;
• Definir a comunicação, as regras e a maneira como será realizado o trato com o paciente, durante a vigência ou até mesmo após eventual rescisão contratual.

O segundo ponto, em especial, é extremamente importante porque ao término deste tipo de contrato é comum o início de conflitos pautados na concorrência desleal e desvio de clientela.

Mas não se preocupe – se você contar com os serviços de uma contabilidade especializada na prática médica, como a MedAssist, tudo será resolvido para você. 

Desvantagem da Contratação de Médicos PJ

Embora a contratação de Médicos PJ seja praticada em várias clínicas médicas, pode ser que o modelo não seja muito vantajoso para as partes.

Isso porque, nesse modelo, a clínica emite uma nota para o paciente e o médico emite uma nota para a clínica.

Ou seja, a clínica paga impostos sobre a nota fiscal emitida ao paciente e o médico contratado paga impostos sobre o valor que recebe da clínica.

Isso resulta em tributação em cascata, ou seja, dupla tributação do mesmo valor, uma prática que, embora legal, é ineficiente e desvantajosa.

Se você optar pela assessoria contábil especializada, dependendo do seu modelo de negócio médico, é provável que seja desaconselhado a seguir esse modelo.

Pagamento por fora 

Pagar os funcionários ou médicos por fora – o famoso caixa 2 ou dinheiro frio – pode parecer algo recorrente, comum, uma ideia prática e simples, mas é ilegal e bastante arriscado.

Esse tipo de pagamento – feito por pix, depósito em conta ou outras formas de transferência, sem emissão de nota fiscal – é uma forma fácil de cair na malha fina da Receita Federal.

Se esse órgão de fiscalização identificar irregularidades, sua clínica pode sofrer penalidades bem severas – e aquela economia ilusória que você fez pagando da forma errada será desperdiçada. 

Então, fique atento! 

Principalmente porque no Brasil, os médicos são frequentemente fiscalizados por estarem entre os profissionais mais bem remunerados do país.

Como evitar a “Nota sobre Nota”?

Uma das maneiras de evitar a tributação em cascata, “nota sobre nota” é estabelecer com o médico uma relação de sócio.

Nesse caso, os serviços prestados pela clínica seriam faturados diretamente por ela e o médico receberia valores a título de prolabore e/ou distribuição de lucros.

Nesse caso, é imprescindível firmar um bom acordo de sócios para estabelecer os termos e condições do negócio.

Outra possibilidade é firmar um contrato de locação da sala com o médico, cobrando pela locação da sala (ou sub-locação). 

Dessa maneira é possível prever que parte do dinheiro fique com a clínica e parte com a empresa do médico.

Muitas clínicas aproveitam salas ociosas para alugar para outros profissionais externos.

Por exemplo: uma clínica dermatológica pode alugar uma das salas para um pediatra. 

Essa estratégia ajuda a amortizar os custos operacionais e deve ser tratada contabilmente como um aluguel – não como prestação de serviço.

Ou seja, essa prática tem ligação direta com a parte tributária da clínica médica, porque o aluguel também é tributado. 

De olho na organização contábil e no controle financeiro

Se você for sócio ou proprietário solo de uma clínica médica de médio ou grande porte, com diversas especialidades e equipamentos, você não pode depender da sorte.

É imprescindível contar com uma assessoria contábil de confiança, como a MedAssist – cuja equipe é especialista na atuação médica.

Isso fará com que você evite problemas no futuro, principalmente com a Receita Federal – e, certamente, fará com que você economize dinheiro. 

Confira tudo o que entra na organização contábil de clínicas médicas:

Contas a receber

Quanto maior a clínica médica, maior o fluxo de pacientes.

E, quanto maior esse fluxo de pacientes, maiores são as chances de que cada um queira fazer o pagamento da consulta ou do procedimento de um jeito diferente:

• PIX; 
• Cartão de crédito;
• À vista;
• No dinheiro;
• Parcelado;
• Com a carteirinha do convênio. 

Para que esse cenário não se transforme em uma salada de frutas, é preciso contar com a expertise de profissionais especializados que façam um controle rigoroso das contas a receber.

Assim, fica mais fácil garantir que todas as transações sejam corretamente registradas, evitando conflitos com a Receita Federal. 

Além disso, esse controle financeiro eficiente é ideal para evitar desperdícios e para garantir que todas as contas estão sendo pagas, prevendo uma margem de sustentabilidade.

Erros acontecem, é claro, mas é importante que sejam minimizados – os registros devem ser feitos da forma mais correta possível, para que sejam condizentes com o que os pacientes declaram. 

Portanto, não deixe para o acaso – profissionalize a contabilidade da sua clínica médica.

Controle da emissão de nota fiscal

Ao contrário dos médicos PJ, as clínicas médicas emitem muitas notas fiscais por semana – especialmente aquelas que atendem diretamente pacientes pessoas físicas. 

A título de comparação, os médicos PJ que são plantonistas, por exemplo, emitem uma única nota fiscal, unificada, e enviada, ao final do mês, para o hospital ou instituição para a qual prestam serviços. 

Atenção: é importante entender que cada nota fiscal tem sua importância contábil.

Ou seja, se, por acaso, o financeiro perder o controle e deixar de emitir notas fiscais ou passar a emitir notas fiscais erradas com frequência, a contabilidade começa a se perder. 

O controle da emissão de nota fiscal é uma das tarefas mais exigentes de uma clínica médica – e exige uma expertise específica, a fim de minimizar erros e problemas futuros.

Bens de ativo fixo

Equipamentos e mobiliários da clínica médica devem ser registrados como ativos e depreciados ao longo do tempo, conforme as normas da Receita Federal. 

Isso quer dizer que um equipamento de laser que custa R$500 mil deve ter sua depreciação contabilizada ao longo dos anos de vida útil. 

A clínica não deve contabilizar esse investimento como uma despesa imediata ou uma despesa única.

Pode parecer curioso, mas isso é primordial – especialmente para clínicas que possuem equipamentos para realização de exames, como tomógrafos, por exemplo, ou aparelhos de raio-x. 

Um exemplo prático: uma clínica de oftalmologia utiliza vários equipamentos para exames. 

Todos esses equipamentos – essenciais para diagnósticos oftalmológicos precisos – precisam ser registrados e depreciados. 

Esse tipo de controle precisa ser feito de forma contínua, ao longo dos anos, até que o aparelho não tenha mais serventia – mas nem todo mundo sabe disso e muita gente não pratica. 

Um erro relacionado à contabilização dos ativos leva a contabilidade a deixar de refletir o patrimônio real da empresa. 

Por isso, não dispense uma assessoria contábil séria e especializada na área médica, como a MedAssist.

Controle de Estoque

Se a sua clínica utiliza muitos produtos – e isso vale especialmente para as clínicas dermatológicas e estéticas –, você também precisa controlar o estoque.

Produtos caros devem ser rigorosamente controlados.

Isso porque os investimentos nesse tipo de equipamento ou de produto impactam a lucratividade.

Além disso, o controle facilita o registro contábil, que reflete a real situação financeira da clínica e permite análises confiáveis de lucro. 

Resumindo: todo o gasto com produtos que ficam estocados deve ser devidamente registrado. 

Venda da clínica médica

Imaginamos que esse não seja o objetivo principal de nenhum médico que resolve abrir uma clínica médica.

Porém, precisamos mapear imprevistos e diferentes cenários.

Se um dia for necessário vender a clínica médica, a organização dos registros contábeis é crucial – e inclusive determinante para a venda.

O valuation da clínica, ou seja, a avaliação do valor de mercado, depende diretamente da precisão desses registros. 

Por exemplo, equipamentos depreciados corretamente – com registros claros de há quanto tempo o aparelho está sendo utilizado – o controle do estoque e a gestão financeira eficaz são aspectos que aumentam o valor de mercado da clínica.

Isso dá mais poder de barganha para quem está vendendo – afinal, você vai saber qual é o capital avaliado e qual o total de ativos fixos da clínica .

Contabilidade da sua clínica médica, check!

Se você chegou até aqui, deve ter entendido que administrar a contabilidade de uma clínica médica não é nada simples, não é? 

Há várias diferenças entre a contabilidade de um profissional PJ que emite notas fiscais diretamente para os hospitais e que presta serviços como plantonista para aquele profissional que é sócio de uma clínica médica. 

Se você quiser garantir que todos os seus ganhos estão sendo contabilizados conforme os preceitos legais, siga todas as nossas dicas.

E se ainda tiver dúvidas, escreva nos comentários ou nos contate por um de nossos canais.

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